El club nace en 1989, tras la disolución de la Agrupación Deportiva Almería en 1982, con el nombre de Almería Club de Fútbol. Cambia a su actual denominación en 2001 (tras la retirada del Club Polideportivo Almería) para conseguir la unidad del fútbol almeriense y tener un equipo competitivo. Los primeros orígenes, sin embargo, de un club de fútbol de la capital se remontan hasta 1909, con el nombre de Almería Foot-Ball Club.
Participó durante tres temporadas en la Regional Preferente de Almería hasta que logró subir a la Tercera División de España en 1992. Permanece una temporada en esta categoría y en 1993 se consigue el ascenso a la Segunda División B de España. Tras consolidarse en una primera campaña muy sufrida, en la siguiente se logra uno de los principales objetivos del club que no era otro que el ascenso a la Segunda División de España en 1995. Se convirtió entonces en la entidad más joven en participar en la Liga de Fútbol Profesional. Tras dos temporadas cargadas de ilusiones, una mala planificación lleva al club al descenso a la Segunda División B de España en 1997.
A pesar de tener una de las mejores plantillas de la categoría, el club no logra el objetivo de luchar por el ascenso y en la segunda temporada en la categoría, de nuevo la mala planificación lleva al club al descenso a la Tercera División de España en 1999. Este momento supone un punto de inflexión y, con un equipo plagado de jugadores almerienses, se consigue retornar a la Segunda División B de España en el año 2000.
La temporada del regreso a dicha categoría se salda finalmente con la permanencia no sin dificultades, y con el cambio de denominación de la entidad, que supone el inicio de un nuevo proyecto deportivo más ambicioso con el apoyo de toda la ciudad. Así, la siguiente trajo consigo la sorpresa de un nuevo ascenso a la Segunda División de España en 2002.
La tercera temporada consecutiva en la Segunda División de España supone la consolidación en la categoría, aunque no de manera muy holgada, pero que posibilita que la campaña siguiente se produzca un salto de nivel y el equipo ocupe los puestos altos de la clasificación con posibilidades de ascenso hasta casi el final de la liga. Finalmente, tras una quinta temporada consecutiva en la Segunda División de España se alcanza de la mano de Unai Emery, de manera espectacular, el sueño del ascenso a la Primera División de España el 19 de mayo de 2007, de forma matemática a falta de cuatro jornadas para el final de la competición, al vencer por 3-1 a la SD Ponferradina.
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Estadio del UD Almería
